Pierwszą szkołą na terenie dzisiejszego obwodu Szkoły Podstawowej nr 3 była szkoła węgierska (do 1914r.).W latach 1918-1924 trwał spór o przynależność Orawy do Polski. Lipnica została podzielona między dwa państwa. Nasz obwód w tych latach należał do Czechosłowacji, w związku z czym uczono tutaj w języku słowackim . Dopiero po roku 1924 , kiedy ta część Lipnicy wróciła do państwa polskiego, zaczęli uczyć polscy nauczyciele: Furtakówna z Czarnego Dunajca, Pawlakówna z Jurgowa i Mika. Budynek szkolny, w którym odbywała się nauka zbudowany był w drugiej połowie XIX w. Staraniami nauczyciela Miki szkoła została zamknięta. Miejscowa ludność wysłała delegację do Warszawy w celu uzyskania zgody na ponowne otwarcie szkoły. Starania zostały pomyślnie zakończone, jednak nauka miała się odbywać nie w budynku szkoły, lecz w sali wynajętej u Teresy Pniaczek. Nauka odbywała się tam do roku 1944. Od 1939 do 1944 uczyli słowaccy nauczyciele. Po zakończeniu II wojny światowej miejscowa ludność pomogła odrestaurować zniszczoną w czasie wojny starą szkołę.
6 marca 1947 roku inspektorat szkolny przydzielił nauczyciela Władysława Sieczkę , który uczył do wakacji 1947r. Zorganizował on dwie klasy- 55 uczniów. We wrześniu 1947r. pracę w szkole objęła Jadwiga Wrześniowska, która zorganizowała trzy klasy- 64 dzieci. 15 września 1951r. został przydzielony drugi nauczyciel: Marian Wilczek. Kierownikiem szkoły zostaje Jadwiga Wrześniowska. W szkole zorganizowano sześć klas. Drugą salę lekcyjną wynajęto u pana Franciszka Kocura. 1 stycznia 1952r. na miejsce Mariana Wilczka przyszła nauczycielka Maria Pardel , która po roku przenosi się do Jabłonki , a jej miejsce zajmuje niewykwalifikowana nauczycielka Bronisława Raif. Ze względu na brak miejsc w klasach zorganizowano tylko pięć klas. Na własną prośbę zwolniona Bronisława Raif opuszcza szkołę, a na jej miejsce we wrześniu 1953r. przychodzi nauczycielka Czesława Kruczek.
W roku szkolnym 1956/57 utworzono sześć klas, w związku z tym przydzielono trzeciego nauczyciela Marię Ślezak. W następnym roku podniesiono stopień organizacyjny szkoły do siedmiu klas. Po przeniesieniu Marii Ślezak do SP2 w szkole zatrudniono Stanisławę i Józefa Szczechurów. Nauka odbywała się w bardzo trudnych warunkach w trzech salach przy czterech nauczycielach. W dniu 11 lutego 1959r. na ogólnym zebraniu powołano komitet budowy szkoły, który po długich naradach ustala, w którym miejscu ma stanąć nowa szkoła.
Przed rozpoczęciem roku szkolnego w 1959r. wynajęto czwartą salę lekcyjną u pana Franciszka Kocura. W roku szkolnym 1958/59 do szkoły uczęszczało 111 dzieci. Szkołę ukończyło 4 uczniów.
24 czerwca 1961r. podczas uroczystego zakończenia roku szkolnego uczniowie i grono nauczycielski pożegnało długoletnią kierowniczkę szkoły panią Jadwigę Wrześniowską, która odeszła na rentę inwalidzką. Kierownikiem szkoły zostaje Józef Szczechura. Przybyła nowa nauczycielka Anna Michalczyk, która po roku przenosi się do SP2. Na jej miejsce przybyła Anna Tylka, która też zostaje opiekunem założonej 16.XI.1963r Drużyny Harcerskiej im. Karola Świerczewskiego. Kolejnymi nauczycielami tej szkoły są m. innymi Anna Kubik, Jerzy Żelazowski, Potoniec Stanisława, Czyszczoń Maria.
1 września ma miejsce organizacja ośmioklasowej szkoły podstawowej. 1 września 1967r. na miejsce pana J. Żelazowskiego i pani Czyszczoń zatrudniono panią Stanisławę Jasionek i panią Albinę Tylka.
W 1968r. przedstawiciele GRN i kierownictwo szkoły udało się do posła Raźnego z prośbą o pomoc w uzyskaniu funduszy na budowę nowej szkoły. Otrzymano fundusze i ustalono plan budowy szkoły na lata 1970/75.
1 września 1971r. grono nauczycieli powiększyło się o nauczyciela Ignacego Mikłusiaka, który 1 września 1972r. obejmuje stanowisko dyrektora tej szkoły. Państwo Szczechurów na własną prośbę zostali przeniesieni do Grywałdu, a pani Tylka do Torunia. Przybyła nowa nauczycielka Anna Chałupka.
Wiosną 1973r. przystąpiono do budowy nowej szkoły. Pierwsze prace przy budowie wykonywane były przez ludzi z obwodu tej szkoły, wykorzystując własny fundusz rodziców. Przy budowie szkoły brali udział również nauczyciele i uczniowie .Na słowa uznania zasłużył Komitet Budowy Szkoły z przewodniczącym Eugeniuszem Pniaczkiem oraz dyrektorem szkoły Ignacym Mikłusiakiem, którzy włożyli wiele starań i wysiłku, aby prace przy budowie szkoły posuwały się do przodu.
W 1974 r. pracę w tej szkole podjęła pani Maria Piś.
W dniu 23 sierpnia 1976r. miało miejsce uroczyste otwarcie nowej szkoły. Otwarcia dokonali: Kurator Okręgu Szkolnego w Nowym Sączu- mgr J. Wrzesień, Naczelnik UG B. Bogacz, Gminny dyr. szkół- J. Janaś. W uroczystości wzięli również udział przedstawiciele Kaletańskich Zakładów Celulozowo- Papierniczych, którzy przekazali znaczną kwotę pieniężną na budowę szkoły.
7 października 1976r. szkołę odwiedził Minister Oświaty i Wychowania – Jerzy Kuberski..
Od roku 1977 co roku w wakacje gościła w naszej szkole kolonia z Kaletańskich Zakładów Celulozowo- Papierniczych.
W roku szkolnym 1978/79 w szkole rozpoczęła działalność Spółdzielnia Uczniowska. Staraniem Komitetu Rodzicielskiego na parterze został wybudowany piękny stylowy sklepik. Wszyscy jednogłośnie nadali mu imię „BOLEK I LOLEK”.
We wrześniu 1979r. pracę w naszej szkole rozpoczęli pan Władysław Stypuła i jego małżonka Władysława. Pani Stanisława Potoniec przeszła do SP nr 1 na stanowisko dyrektora szkoły..
Przez kolejne lata ciągle ulega zmianie skład grona pedagogicznego.
W roku szkolnym 1991/92r. w wyniku konkursu stanowisko dyrektora objęła pani Elżbieta Mikłusiak. Po dwóch latach pracy na tym stanowisku na własną prośbę zostaje przeniesiona do SP nr 2. Od września 1993r. dyrektorem szkoły zostaje pani Stanisława Skoczyk.
Od roku szkolnego 1995 /96 szkoła ta należy do Zespołu Szkół Ogólnokształcących w Lipnicy Wielkiej.
We wrześniu 2001 roku stanowisko dyrektora tej szkoły obejmuje mgr Ewa Rószczka.
Szkoła ma dobrze przygotowaną kadrę pedagogiczną, która bardzo odpowiedzialnie realizuje swoje zadania Tutejsi uczniowie zajmowali i w dalszym ciągu zajmują czołowe miejsca w różnych konkursach, reprezentując gminę w konkursach wojewódzkich.
Opracowała mgr Ewa Rószczka